卡罗莱纳箱龟包括六个亚种,包括 东部箱龟(T.c.carolina) 三趾箱龟(T.c.triunguis) 湾岸箱龟(T.c.major) 佛罗里达箱龟(T.c.mexi-cana) 另外两个则是较少被视为宠物的 墨西哥箱龟(T.c.yucatana) 锦箱龟的两个亚种则是 西部箱龟(T.o.ornata) 沙漠箱龟(T.c.luteola) 这两个亚种与东部箱龟,三趾箱龟,湾岸箱龟及佛罗里达箱龟,为宠物市场上最常见的美洲箱龟,他们各自具有独特的外观,但分布区域有数种互相重叠,品种之间的交配的情形很常见,杂交后代