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03我们解决什么问题： 学习生信的同学是否经常被这样的问题所困扰？尤其是研究单细胞测序的，如今数据集规模动辄百万细胞，自己那仅有 8G 内存的笔记本电脑配置显然难以满足需求。想要自行组装一台配置出色的电脑，却又面临着环境复杂、稳定性差、硬件成本高昂以及电费成本不可小觑等诸多问题！那么，有没有一种全面的解决方案，能够一并解决我们上述所提及的所有难题呢？接下来，就让我们为您详细介绍一下生信共享云服务器吧！ 我们的36本人211在读研二 已经通过自学完成一篇一区sci 致力于生信多组学分析 主要是通过宏基因组和转录组联合分析研究肠道微生物与宿主相互作用我这边有很多资料 可以一起学习哟#生信##生物信息##R语言##多组学##生信分析#0一块学习交流吧0在培养贴壁细胞的时候，偶尔会出现细胞接种后贴壁不均匀的情况。有的地方长得非常密集，有的地方却太稀疏。虽然这对于常规培养并不算大问题，但有时则可能影响后续的实验进程。 所以一旦遇到贴壁不匀，建议排查原因并优化操作方案。 本文中将细胞贴壁不均匀总结归纳为四种情况： 局部生长密集，密集处呈不规则分布 原因：一般是接种时没有混匀，或者细胞传代时没有消化彻底从而形成细胞团块导致的 解决方案：继续培养1-2天，待细胞状0在组织学中，石蜡切片和冰冻切片都是常用的方法，前者常用于进行免疫组化实验，后者则常用于免疫荧光实验。 组织学常规制片技术中最为广泛应用的切片方法，为石蜡切片与冷冻切片。石蜡切片法包括取材、固定、洗涤和脱水、透明、浸蜡、包埋、切片与粘片、脱蜡、染色、脱水、透明、封片等步骤，为永久性显微玻片标本。石蜡切片不仅用于观察正常细胞组织的形态结构，也是病理学和法医学等学科用以研究、观察及判断细胞组织的形态变化01 总述实时荧光定量PCR（后续简称为qPCR）顾名思义就是在PCR反应体系中加入荧光物质，通过荧光信号的实时接收监测PCR反应进程，由于其模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，以此为依据进而达到定量的目的。简单来讲，qPCR可分为荧光染料法（以SYBR GreenⅠ最常用）与荧光探针法（TaqMan 探针）两种，而其结果分析方法也有绝对定量和相对定量之分。在此不一一赘述，此次分享以SYBR GreenⅠ法为例，结果分析选用相对定量法。 2 实验设计2.1 总0WB实验曝光显出多个条带，蛋白大小跟报道的分子量不一致，是不是非特异带？ “出现杂带”以及“条带位置不符合预期”，这两种情况需要分开讨论： 第一种情况：蛋白转录及翻译后的修饰，该因素是引起杂带的最常见原因。转录后，由于选择性剪切的作用，同一个转录本会翻译出不同大小的蛋白，这类蛋白称为该蛋白的剪接体。在UniProt查询蛋白时，可以在“Sequences ”部分看到该蛋白已报道过的Isoforms。在进行实验前，需要比对每个剪接体造成的0平时研究用的细胞，有需要冷冻保存。冷冻的过程称为冻存，和冻存对应的过程，称为复苏，通俗地说就是把冻上的细胞化开。 细胞复苏是一简单的试验操作，但操作中有许多需要注意的事项，在实验操作中注意细小问题，才能使复苏后的细胞状态保持良好。 下面小编就和大家分享细胞复苏的“避坑指南”。 细胞复苏的基本原则 快速融化：细胞复苏过程升温要快，防止在解冻过程中水分进入细胞，形成冰晶，影响细胞存活。 在复苏时，需要快速升0平时研究用的细胞，有需要冷冻保存。冷冻的过程称为冻存，和冻存对应的过程，称为复苏，通俗地说就是把冻上的细胞化开。 细胞复苏是一简单的试验操作，但操作中有许多需要注意的事项，在实验操作中注意细小问题，才能使复苏后的细胞状态保持良好。 下面小编就和大家分享细胞复苏的“避坑指南”。 细胞复苏的基本原则 快速融化：细胞复苏过程升温要快，防止在解冻过程中水分进入细胞，形成冰晶，影响细胞存活。 在复苏时，需要快速升0在生物化学实验中，准确制备溶液是实验成功的关键之一。今天，我们就来聊聊在配制溶液时，究竟是应该先调节pH值还是先进行定容操作呢？让我们一起揭晓这个小秘密！ 在进行液体制剂的制备时，为了确保最终溶液达到预期的pH值和精确浓度，我们通常遵循以下步骤： 调节pH值：首先，我们需要将所需的溶质溶解在部分溶剂中，然后逐渐加入酸或碱来调整溶液的pH值至所需水平。在这个过程中，要不断地测量pH值，直至稳定在我们预定的数值。 定0想学基因组装注释测序0WB 技术颇具挑战性，尤其是磷酸化蛋白的 WB 检测，更是困难重重！这是因为细胞裂解后，蛋白酶和磷酸酶会被释放出来，它们可能会降解或修饰蛋白质，进而对检测结果产生影响。那么，我们该如何应对呢？ 首先看下磷酸化蛋白的作用都有哪些？1、细胞信号传导研究：检测激酶活性和磷酸化蛋白的变化，研究细胞内信号通路的激活或抑制。2、疾病机制研究：例如，在癌症研究中，磷酸化蛋白的异常变化可能与肿瘤发生、发展和转移相关。3、药物研4123450一、线粒体基础知识 1、什么是线粒体？ 线粒体是一种双膜结构的细胞器，分布在几乎所有真核细胞中。它们负责将营养物质转化为化学能量（ATP），供细胞使用。 2、为什么说它是“半自主性”的？ 线粒体拥有自己的DNA和遗传体系，但与细菌类似，它们的基因组有限。除了某些特定的基因，大部分线粒体的蛋白质由细胞核DNA编码，在细胞质中合成后运输到线粒体内。 3、线粒体有哪些功能？ 除了能量转换，线粒体还参与细胞分化、信号转导、细胞周0000求助，培养的细胞送第三方镜检发现革兰氏阴性杆菌，但是内毒素检测却小于0.03，细菌培养，与血培养+追加药敏培养法试验120小时也没有发现细菌生长，这是什么原因3求助 WGCNA共表达网络做出来模块和性状的相关性很低，都不到0.2，参数啥的都做了调整都不行，是我设置的不合理吗，有什么办法让相关性高点000一、PCR反应组分 1.模板DNA： 来源比较广，用于复制的PCR模板可以是任何DNA来源，如基因组DNA（gDNA）、互补DNA（cDNA）和质粒DNA。不过，DNA的组成或复杂度会影响PCR扩增的最佳起始量。例如，在起始量为50µL 的PCR中，只需0.1–1 ng质粒DNA，而gDNA则需要5–50ng。最佳模板起始量还取决于所使用的 DNA 聚合酶类型；经过改造 的DNA聚合酶对模板的亲和力更强，灵敏度更高，所需的DNA起始量更少。对DNA起始量的优化很重要，因为起始量过高会增加发生非特异性扩2老师让做一下基因家族鉴定，麻烦大佬看一下这个流程对不对，问过学过的同学用的是pfam在cn两端比对，batch ccd的方法以及上面的流程是否可行2我是大一的学生，偶然听到学校实验室招人就加了，结果生信方面的实际操作根本没人教我哇QWQ 导师就让我分析gwas表格了，有没有人能教教我啊0000内参，顾名思义，就是内部参照。它在 Western Blot 实验中起到了重要的作用，用于校正蛋白质样本的加载量差异和检测系统的误差。就像是一把尺子，可以让我们在比较不同样本之间的蛋白质表达时有一个基准。 那么，如何选择内参呢？一般来说，我们需要考虑以下几个因素： 1、蛋白表达丰度：内参应该在样本中稳定表达，且表达量相对较高，这样才能有效地检测到内参信号。 2、分子量：内参的分子量应该与目标蛋白的分子量有明显差异，以便在0师兄测了真菌的CK和处理组的转录组，导师要我接着往下做，想让我验证和抑菌相关的基因的功能，我该怎么做，急！感谢解答。#生物##生化环材#001 什么是血清？ 血清，指血液凝固后，在血浆中除去纤维蛋白原及某些凝血因子后，分离出的淡黄色透明液体或指纤维蛋白原已被除去的血浆。血清的主要作用是提供基本营养物质，包括激素、维生素、转运蛋白、微量元素、扩散因子和生长因子等细胞增殖和维持的必需成分，促进细胞生长。 02 血清的有什么作用？ 血清的成分十分复杂，既有协助物质运输的蛋白、营养物质，还有促进细胞生长的激素和因子等，正因为血清这种天然成分的复杂性，使0有无大佬帮忙写作业……完全用不懂PSI-BLAST0载体 在Cohen和Boyer的实验中，两种质粒都能在E. coli中复制。因此，这两种质粒都可以作为载体，使重组DNA得以复制。所有基因克隆实验都需要这样的载体，我们称之为载体（Vector），但典型的基因克隆实验只涉及一个载体，以及一个依赖于载体进行复制的外源DNA片段。外源DNA没有复制起点，即DNA复制开始的地方，因此除非将其放入具有复制起点的载体中，否则它无法复制。自20世纪70年代中期以来，已经开发了许多载体；这些载体分为两大类：质粒（pl0PCR反应中的主要由引物、 4种三磷酸脱氧核苷酸(dNTP)、Mg2+、模板和Taq DNA聚合酶五个成份组成。各个组份都能影响 PCR 结果的好坏。 1引物 PCR反应产物的特异性由一对上下游引物所决定。引物的好坏往往是PCR成败的关键。引物设计和选择目的DNA序列区域时可遵循下列原则： （1） 引物长度约为16-30 bp， 太短会降低退火温度影响引物与模板配对，从而使非特异性增高。太长则比较浪费，且难以合成。 （2）引物中G+C含量通常为40%-60%，可按下式粗略估计引物0常见的BCA法检测蛋白定量 在蛋白质比色定量试验中，最常用的方法是二喹啉甲酸（Bicinchoninic acid，BCA）法蛋白定量。那么为什么我们要选择用BCA法？BCA法是Lowry测定法的一种改进方法，与Lowery法相比，BCA蛋白测定方法操作更简单，试剂及其形成的颜色复合物稳定性更好，几乎没有干扰物质的影响，灵敏度高（微量检测可达到0.5μg/ml），应用更加灵活。与Bradford法相比，BCA法的显著优点是不受去垢剂的影响。 BCA法蛋白定量的原理是什么？ 大多数蛋白样0Ethidium Homodimer-1（溴乙啡锭二聚体 1）、Hoechst 染料、DAPI、PI 等细胞核染料在学术研究中具有广泛的应用。 1.Ethidium Homodimer-1 (EthD-1) 主要用于染色死细胞。它与细胞核结合后，可发出红色荧光，常用于检测细胞的死亡状态。 （1）Ethidium Homodimer-1是一种高亲和性的荧光核酸染料，与DNA或RNA结合后，可以使荧光增强30多倍。 （2）由于带有较强正电荷，所以该染料不能穿过细胞膜进行活细胞染色，但是可以准确的检测溶液中的核酸或者解体细胞中的核酸，是0一、原理 利用蛋白质和核酸在280nm及260nm处的紫外吸收值（即A值）不同测定样本中的蛋白含量，其计算公式如下：蛋白质浓度=1.45×A280-0.74×A260，单位：mg/mL。 二、材料和设备 溶剂（蛋白溶液同一缓冲液）、紫外分光光度计。 三、操作步骤 打开紫外分光光度计，预热自检。 将溶剂和待检样品加至比色皿中，前者用于调零。 测量A280和A260值。 四、计算 按公式：蛋白质浓度=1.45×A280-0.74×A260计算样品的蛋白含量。0现代科研基本离不开分子实验，分子实验又基本离不开PCR，PCR肯定离不开引物了，今天给小伙伴们讨论收到引物的处理问题。 QPCR 干粉引物溶解稀释的一般方法如下： 收到引物后，在开启离心管盖前，在3000-4000转/分钟的转速下离心1分钟，以防开盖时引物干粉散失。因为引物在干燥过程中，寡核苷酸在EP管底部形成白色片状沉淀。鉴于运输过程中沉淀会飘起，在打开管盖之前进行简短离心这一步骤至关重要。 引物保存在高浓度的状况下比较稳定。如果0一．FISH的定义 荧光原位杂交技术（FISH）是一种利用荧光信号检测探针的原位杂交技术[1]。它将荧光信号的高灵敏度、安全性及直观性和原位杂交的高特异性结合起来，通过荧光标记的核酸探针与待测样本核酸进行原位杂交。在荧光显微镜下对荧光信号进行辨别和计数，从而对染色体或基因异常的细胞和组织样本进行检测和诊断，为各种基因相关疾病的分型、预前和预后提供准确的依据。 二．FISH的原理 FISH分为直接法和间接法。 直接法是在已知碱基00分子克隆实验——无缝克隆 今天和大家讲讲无缝克隆常见的问题以及解决方法。 1.平板上很少或者没有克隆菌落 建议使用试剂盒附带的阳性对照，可排除试剂盒本身的影响。进一步判定，主要有以下可能的情况和建议： 01载体制备 线性化载体和插入片段的纯度不够，抑制反应。 02插入片段制备 1、引物设计不正确：同源臂15~25nt（不计算酶切位点）,CG含量40~60%。 2、线性化载体和插入片段的纯度不够，抑制反应。若线性化载体与插入片段已经过纯化，0脾细胞是ELISpot和FluoroSpot测定中使用最多的细胞，至少对小鼠和大鼠样本而言是如此。脾细胞可以很容易地从脾脏中分离出来，而不需要Ficoll分离。细胞可以在分离后直接使用，也可以冷冻保存，并在以后批量使用。 下面是编译自https://www.mabtech.com/knowledge-hub/isolation-freezing-and-tha的关于如何最好地（i）分离、（ii）冻存和（iii）复苏脾细胞的详细指南。 脾细胞的分离 材料 细胞过滤器，70µm尼龙，无菌 无菌剪刀和镊子或镊子 无菌培养皿 巴氏移液管，无0脾细胞是ELISpot和FluoroSpot测定中使用最多的细胞，至少对小鼠和大鼠样本而言是如此。脾细胞可以很容易地从脾脏中分离出来，而不需要Ficoll分离。细胞可以在分离后直接使用，也可以冷冻保存，并在以后批量使用。 下面是编译自https://www.mabtech.com/knowledge-hub/isolation-freezing-and-tha的关于如何最好地（i）分离、（ii）冻存和（iii）复苏脾细胞的详细指南。 脾细胞的分离 材料 细胞过滤器，70µm尼龙，无菌 无菌剪刀和镊子或镊子 无菌培养皿 巴氏移液管，无0谁知道哪家机构可以做植物染色吗？0因为有两个数据重复了，想要删除一个，隐藏也可以 有没有大佬指点一下 感谢0常见的BCA法检测蛋白定量 在蛋白质比色定量试验中，最常用的方法是二喹啉甲酸（Bicinchoninic acid，BCA）法蛋白定量。那么为什么我们要选择用BCA法？BCA法是Lowry测定法的一种改进方法，与Lowery法相比，BCA蛋白测定方法操作更简单，试剂及其形成的颜色复合物稳定性更好，几乎没有干扰物质的影响，灵敏度高（微量检测可达到0.5μg/ml），应用更加灵活。与Bradford法相比，BCA法的显著优点是不受去垢剂的影响。 BCA法蛋白定量的原理是什么？ 大多数蛋白样
