卡罗莱纳箱龟包括六个亚种，包括 东部箱龟（T.c.carolina） 三趾箱龟（T.c.triunguis） 湾岸箱龟（T.c.major） 佛罗里达箱龟（T.c.mexi-cana） 另外两个则是较少被视为宠物的 墨西哥箱龟（T.c.yucatana） 锦箱龟的两个亚种则是 西部箱龟（T.o.ornata） 沙漠箱龟（T.c.luteola） 这两个亚种与东部箱龟，三趾箱龟，湾岸箱龟及佛罗里达箱龟，为宠物市场上最常见的美洲箱龟，他们各自具有独特的外观，但分布区域有数种互相重叠，品种之间的交配的情形很常见，杂交后代