病原菌的致病物质可分为毒素和侵袭力两大类。
1.毒素对宿主有毒，能直接破坏机体的结构和功能。毒素可分为外毒素和内毒素两种。
2.侵袭力本身无毒性，但能突破宿主机体的生理防御屏障，并可在机体内生存下来（医学上称为定殖）、繁殖和扩散，破坏人体组织器官。
前者为化学性，后者为物理性。
以发病机制分类，可分为机会致病菌和绝对致病菌