我的猜测是一直以来出现在通文馆的巴尔其实是两个人在轮流扮演，那就是真巴尔和三千院。
真巴尔也是不良人，多年前受命潜伏于通文馆传递情报。三千院从真巴尔口中了解其与通文馆诸人生活习性，因此才能做到以假乱真。三千院在总舵的时候就是真巴尔在通文馆。当三千院需要利用巴尔这个身份办事的时候，真巴尔就隐藏起来事。
我觉得这要比三千院杀了巴尔或者李嗣源身边的巴尔一直是三千院要合理一些。
至于时间轴和日行八百里，只能说确实考虑不周，希望以后长点心吧。