小说《御天武帝》的女主角有两个，分别是莫小云和慕容瑶瑶。莫小云是女主角之一，她是一个十分聪明、勇敢、有正义感的女孩，与男主角在经历了一系列的考验之后，最终走到了一起。慕容瑶瑶是另一个女主角，她是一个身世复杂、心机深沉的女子，与莫小云之间存在着一些微妙的关系。两个女主角在小说中都扮演着十分重要的角色，为整个故事的发展和男主角的成长贡献了很多。