通常情况下，可以通过计算构型的表面能来判断结构的疏水性。当表面能接近0时，被视为结构对水的相互作用能力很低，它具有较高的疏水性；而当表面能接近正值时，表明结构对水的亲和力很强，即具有较低的疏水性。此外，还可以通过三元组测试法或分子动力学模拟来判断结构的疏水性。