TRIM25如何通过泛素化调控ITPKB的稳定性 TRIM25（泛素连接酶）通过给ITPKB蛋白“贴标签”（K48泛素化），让它被蛋白酶体“吃掉”，从而调控细胞存活和氧化应激！ 📌 机制解析 1️⃣ TRIM25是“清洁工”还是“杀手”？ 敲低TRIM25 → ITPKB蛋白堆积（图2a-b）→ 细胞存活率↑、ROS↓（图2l-m） 过表达TRIM25 → ITPKB被“清理”→ 细胞更易死亡 💡 结论：TRIM25是ITPKB的“杀手”，控制其稳定性！ 2️⃣ 蛋白酶体：细胞里的“垃圾处理厂” 加入MG132（蛋白酶体抑制剂

如何鉴定泛素修饰类型和靶蛋白的修饰位点？ 1. 使用HA-Ub-WT/KO泛素修饰系统检测修饰类型 步骤： HA-Ub-WT和HA-Ub-KO系统：使用HA标记的野生型泛素（HA-Ub-WT）和赖氨酸突变型泛素（HA-Ub-KO，如K6R、K11R、K27R等）载体，与泛素连接酶（E3）和修饰底物共转染细胞。 CoIP-WB检测：通过免疫共沉淀（CoIP）和蛋白质印迹（WB）检测底物的泛素化水平，明确E3连接酶对底物的泛素修饰类型。 小贴士： HA-Ub-KO系统可以帮助排除特定赖氨酸位点的泛素化作用。 通过对比不

CARM1与HIF1A存在关联并直接相互作用 第一步：筛选CARM1的互作蛋白 用anti-Flag-CARM1 IP-MS技术鉴定CARM1的互作蛋白，结果发现CARM1和HIF1A有“关联”！🔗 （图1a：CARM1和HIF1A的互作初步证据） 第二步：验证CARM1与HIF1A的相互作用 在常氧和缺氧条件下做了Co-IP实验，结果CARM1和HIF1A真的互作！🤝 GST pulldown实验也进一步证实了这一点！ （图1b-g：Co-IP和GST pulldown实验结果） 第三步：确定互作的具体位置 为了搞清楚CARM1和HIF1A的互作细节，构建了CARM1的截短载体： EVH1

分子互作蛋白如何筛选？ 🔬国刊之光《STTT》：分子互作蛋白筛选，从机制到验证全流程。 🌟 STEP1：锁定调控层级——先排除转录干扰！ ✔️ 现象：复发性组织+TMZ耐药细胞中，ITPKB蛋白（非mRNA）显著升高（图1a-b）→暗示是转录后调控（比如降解减少/稳定性增加）。 💡 划重点：若mRNA与蛋白表达趋势不一致，优先考虑翻译后修饰（泛素化、磷酸化等）或蛋白互作调控！ 🌟 STEP2：互作泛素酶筛选——CoIP-MS挖出关键“剪刀手” 🔎 技术流：用CoIP-MS钓

由于细胞之间的异质性，不同的细胞对某些药物有不同的反应。尽管使用传统小型化微量滴定板进行药物筛选已经很好地建立起来并且易于执行，但单细胞药物筛选仍然面临一些技术障碍，包括在开放环境中分散液体的不受控制的蒸发。传统的小型化微滴定板只能静态培养细胞，这限制了它们的适用性，因为这种方法无法模拟自然的细胞外微环境。相比之下，微流体装置可以通过连续输注进行3D细胞培养，使其能够模拟体内与细胞生理学相关的微环境

分子互作蛋白如何筛选？ 🔬国刊之光《STTT》：分子互作蛋白筛选，从机制到验证全流程。 🌟 STEP1：锁定调控层级——先排除转录干扰！ ✔️ 现象：复发性组织+TMZ耐药细胞中，ITPKB蛋白（非mRNA）显著升高（图1a-b）→暗示是转录后调控（比如降解减少/稳定性增加）。 💡 划重点：若mRNA与蛋白表达趋势不一致，优先考虑翻译后修饰（泛素化、磷酸化等）或蛋白互作调控！ 🌟 STEP2：互作泛素酶筛选——CoIP-MS挖出关键“剪刀手” 🔎 技术流：用CoIP-MS钓

DCAF7通过抑制G3BP1的K48链多泛素化来稳定G3BP1蛋白 1. 筛选DCAF7的互作蛋白G3BP1 步骤： IP-MS分析：为了探索DCAF7在鼻咽癌（NPC）进展中的作用，进行免疫沉淀-质谱（IP-MS）分析，筛选出DCAF7的潜在互作蛋白（图1a）。 生物信息学分析：通过STRING数据库和Cytoscape MCODE分析，发现G3BP1位于排名最高的蛋白簇中心（图1b）。G3BP1是一种应激颗粒（SG）组装因子，在癌症进展中起重要作用。 Co-IP验证：外源性和内源性Co-IP实验证实了DCAF7与G3BP1的相互作用（图1c）。 小贴

第一步：DCAF7和USP10的“牵手”🤝 之前的研究发现，DCAF7可以抑制G3BP1的泛素化，从而让它更稳定。那么问题来了：DCAF7是不是通过招募一个“去泛素化小能手”来帮G3BP1“续命”呢？ 果然！通过IP-MS实验，我们发现USP10（一种去泛素化酶）是DCAF7的潜在合作伙伴。外源性和内源性Co-IP实验都证实了这一点（图2a-b）！DCAF7和USP10真的可以相互作用！ 第二步：USP10是G3BP1的“稳定剂”⚖️ 接下来，我们研究了USP10对G3BP1的影响。 敲低USP10后，G3BP1的蛋白水平明

微流控细胞分选芯片介绍 微流控细胞分选芯片是一种利用微流控技术和微纳米加工技术制备的芯片，用于将混合的细胞或微生物精确地分离和分类。该技术可以通过微型通道中的流体控制来实现对细胞的操纵和分离，具有高效、高通量、低成本、低样品消耗等优点。 工作原理 微流控芯片利用流体动力学原理，通过控制微小体积内的液体流动来模拟生物体内的生理环境。通过精确控制样品的流速、方向和停留时间，实现对细胞的选择性培养、分离或反

DCAF7通过抑制G3BP1的K48链多泛素化来稳定G3BP1蛋白 1. 筛选DCAF7的互作蛋白G3BP1 步骤： IP-MS分析：为了探索DCAF7在鼻咽癌（NPC）进展中的作用，进行免疫沉淀-质谱（IP-MS）分析，筛选出DCAF7的潜在互作蛋白（图1a）。 生物信息学分析：通过STRING数据库和Cytoscape MCODE分析，发现G3BP1位于排名最高的蛋白簇中心（图1b）。G3BP1是一种应激颗粒（SG）组装因子，在癌症进展中起重要作用。 Co-IP验证：外源性和内源性Co-IP实验证实了DCAF7与G3BP1的相互作用（图1c）。 小贴

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泛素修饰类型和靶蛋白修饰位点如何鉴定泛素修饰类型和靶蛋白的修饰位点？ 1. 使用HA-Ub-WT/KO泛素修饰系统检测修饰类型 步骤： HA-Ub-WT和HA-Ub-KO系统：使用HA标记的野生型泛素（HA-Ub-WT）和赖氨酸突变型泛素（HA-Ub-KO，如K6R、K11R、K27R等）载体，与泛素连接酶（E3）和修饰底物共转染细胞。 CoIP-WB检测：通过免疫共沉淀（CoIP）和蛋白质印迹（WB）检测底物的泛素化水平，明确E3连接酶对底物的泛素修饰类型。 小贴士： HA-Ub-KO系统可以帮助排除特定赖氨酸位

XFD660 马来酰亚胺是硫醇反应性染料，用于标记巯基，。XFD660 适合成像和流式细胞术应用。在pH 4-10范围内荧光不受影响且光稳定性好。XFD660 的马来酰亚胺衍生物通常用于与蛋白质、寡核苷酸或低分子量配体上的硫醇基团结合，产生的结合物与其他光谱相似的荧光团相比，荧光亮度明显更高，光稳定性更强。 马来酰亚胺在中性条件下很容易与蛋白质、经巯基修饰的寡核苷酸和其他含巯基分子中的巯基发生反应。所得的染料偶联物相当稳定。 AF660马来酰

《Adv Sci》解读：研究KEAP1与PGAM5结合的区域 💡第一步，确定KEAP1与PGAM5结合的结构域及潜在氨基酸 KEAP1可以与PGAM5结合，它们结合的结构基础尚不清楚（图1a）。PGAM5是磷酸甘油突变酶超家族的成员，包含一个PGAM结构域、TM结构域、MM结构域和一个与KEAP1相互作用的NxESGE基序（图1b）。而KEAP1则有NTR域、BTB域、IVR域、Kelch域和CTR域，Kelch域负责与PGAM5结合（图1c）。分子动力学模拟和轨迹聚类研究，以及结合AlphaFold3算法的预测结果，提示PGAM5上的Val78、Glu79、Se

冬凌草乙素可能直接与KEAP1结合，影响PGAM5，从而在HCC中发挥药理作用 冬凌草乙素以KEAP1为靶点 第一步，筛选冬凌草乙素的结合蛋白 为了证实冬凌草乙素对HepG2细胞的作用，合成生物素标记的冬凌草乙素，进行pulldown实验（图1a），银染色分析显示在70 KDa附近存在差异带（图1b-c），随后进行质谱分析鉴定，其中包括KEAP1蛋白（69 KDa）（图1d）。提示冬凌草乙素可能以KEAP1为靶点。 第二步，PGAM5与KEAP1相互作用 KEAP1蛋白是一种重要的调节蛋白，可以通过与其

一、百萤AF700 NHS 酯 *与 Alexa Fluor 700 NHS 酯的结构相同*参数 Ex(nm) 696 Em(nm) 719 分子量 ~1400 溶 剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存，避光防潮 反应基团 NHS酯 二、百萤AF700 NHS 酯 *与 Alexa Fluor 700 NHS 酯的结构相同*优势 1.易于结合：高效地将伯胺标记在蛋白质、抗体和胺修饰的寡核苷酸上 2.荧光明亮且稳定：在pH 4-10范围内荧光不受影响且光稳定性好 3.亲水性好：减少聚集，提高信号清晰度，适用于高级成像和活细胞研究 三、百萤AF700 NHS 酯 *与 Alexa Fluor 700 NHS 酯

肝细胞癌（HCC）是一种与慢性肝病和肝硬化密切相关的原发性肝脏恶性肿瘤。目前，免疫治疗和化疗是HCC患者最好的治疗选择，但大多数HCC患者在手术切除或消融后复发。因此，迫切需要更有效的治疗选择，而分子靶向治疗是一种很有前景的方法，可以提供更好的结果，降低全身毒性，减少副作用。 2024年8月，广州中医药大学研究团队在Advanced Science（IF=14.3）上发表了题为“Ponicidin Promotes Hepatocellular Carcinoma Mitochondrial Apoptosis by Stabilizing KEAP1-PGAM5 Complex

蛋白DNA互作组ChIP-Seq原理，要点，优劣势。 ChIP-Seq检测原理： ChIP-Seq检测原理和RIP-Seq类似，不同的是前者利用目的蛋白抗体将相应的DNA-蛋白复合物沉淀下来，然后分离纯化捕获DNA，结合高通量测序技术对目标DNA进行测序分析。 ChIP-Seq服务要点和RIP-Seq类似，精简如下： （1）试验设计：同RIP-Seq。 （2）蛋白表达和细胞量：比RIP-Seq细胞用量要求大，建议不少于10e7（金标准：320g离心沉淀100ul）。 （3）抗体关键质控：同IP-Mass和RIP-Seq。 （4）IP送样建议：细

一、百萤 AF568酸 等同于Alexa Fluor 568acid参数 Ex(nm) 579 Em(nm) 603 分子量 807.74 溶剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存，避光防潮 荧光颜色 红色 二、百萤 AF568酸 等同于Alexa Fluor 568acid适用范围 主要用于标记抗体、蛋白质和寡合苷酸 三、百萤 AF568酸 等同于Alexa Fluor 568acid概述 AAT Bioquest 生产的XFD 568 酸与AlexaFluor®568酸的分子相同，是一种明亮的红色荧光染料，在pH 4-10范围内荧光不受影响且光稳定性好。适用于多色荧光显微镜、流式细胞术和dSTORM等先进成像技术。

PHLDA2与ALOX12相互作用 一、确定ROS铁死亡系统的相互作用分子 通过SFB标签抗体，进行IP-MS和IP-WB发现PHLDA2与ALOX12互作（图1a、b）。进一步通过内源抗体Co-IP双向验证PHLDA2与ALOX12存在相互作用（图1c-d）。而免疫荧光共定位实验发现PHLDA2和ALOX12能够同时共定位于细胞质（图1e），进一步佐证了PHLDA2-ALOX12复合体的存在。 二、确定PHLDA2和ALOX12互作特异性 PHLDA2属于PH样结构域家族A，包括PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3（图1f）。Co-IP实验分析发现，PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3中，只有PHL

聚合酶链式反应（PCR）在核酸扩增检测中至关重要，广泛应用于传染病检测、肿瘤筛查和食品安全检测等许多应用；然而，大多数PCR设备的加热和冷却速率效率低下，这大大限制了它们在医院急诊、机场和海关等特殊情况下的应用。科研人员提出了一种温度控制策略即微流控PCR热循环仪，通过在多个温度区之间切换微流控芯片并过度增加温度区和溶液之间的温差，显著提高溶液温度的斜坡率。结果表明，溶液温度的上升速率在一定范围内是温差的线性

分子互作机制 第一步，确定与下游蛋白分子的互作关系 内源Co-IP实验和GST pulldown实验发现USP8与GPX4互作（图2a-c）。 第二步，USP8与GPX4蛋白结合的具体位置 为了探索USP8与GPX4蛋白结合的位置，针对USP8构建不同的突变体分别进行Co-IP实验，发现USP8通过 aa1-313、aa715-1118区域与GPX4结合（图2d-e）。 第三步，USP8如何影响GPX4蛋白的稳定性 Co-IP分析发现，USP8能降低GPX4的泛素化水平，而酶非活性突变体USP8-c786a则不能去除GPX4的泛素链，表明USP8通过其去泛素化酶活

DCAF7使USP10在K76处去泛素化G3BP1，最终通过泛素-蛋白酶体途径阻止G3BP1的降解 第一步，USP10的去泛素化酶活性对于G3BP1的去泛素化至关重要 进一步研究显示，MG132处理恢复了USP10敲低细胞中G3BP1的表达（图3a-b）。另外，Co-IP实验发现，USP10的过表达降低了G3BP1的泛素化，而USP10催化失活突变体（Cys424Ala;C424A）则没有这种作用（图3c），说明USP10的去泛素化酶活性对于G3BP1的去泛素化至关重要。 第二步，DCAF7使USP10在K76处去泛素化G3BP1 Co-IP实验显示，DCAF7敲低导

DUSP6对Notch1的phospho-Y2116的去磷酸化是其调控CRC细胞增殖的关键 功能回复实验显示，DUSP6通过Notch1调控结直肠癌细胞增殖（图2a-b）。随后IP-MS筛选NTM上可能被DUSP6靶向的磷酸化位点。NTM中共检测到17个磷酸丝氨酸、3个磷酸苏氨酸和2个磷酸酪氨酸，其中只有phospho-Y2116（p-Y2116）是DUSP6过表达时失去磷酸化的酪氨酸残基。此外，两个丝氨酸残基S1951和S2205在DUSP6 过表达中也失去了磷酸化。 为了确定p-Y2116、p-S1951和p-S2205在Notch1信号传递中的重要性，构建Notch1失

DUSP6对Notch1的phospho-Y2116的去磷酸化是其调控CRC细胞增殖的关键 功能回复实验显示，DUSP6通过Notch1调控结直肠癌细胞增殖（图2a-b）。随后IP-MS筛选NTM上可能被DUSP6靶向的磷酸化位点。NTM中共检测到17个磷酸丝氨酸、3个磷酸苏氨酸和2个磷酸酪氨酸，其中只有phospho-Y2116（p-Y2116）是DUSP6过表达时失去磷酸化的酪氨酸残基。此外，两个丝氨酸残基S1951和S2205在DUSP6 过表达中也失去了磷酸化。 为了确定p-Y2116、p-S1951和p-S2205在Notch1信号传递中的重要性，构建Notch1失

DUSP6抑制泛素介导的NICD蛋白酶体降解 被切割的Notch1细胞内区域作为转录激活因子，激活参与肿瘤发育的各种基因。切割的Notch1细胞内区域活性可以通过磷酸化来调节，以标记泛素介导的蛋白酶体降解。然而，没有报道任何负调节因子可以使Notch1细胞内区域去磷酸化，从而保持其细胞活性/丰度。DUSP6与NTM水平的相关性提示DUSP6可能调控NTM。 第一步，DUSP6与NTM结合 Co-IP实验显示内源性NTM可与细胞中flag-DUSP6结合；同时，内源性DUSP6可与HA-NTM结合（图2a-b）。

RIP-Seq检测原理： 细胞内蛋白RNA互作组RIP-seq检测，即免疫沉淀RNA结合测序分析检测。RIP-Seq检测原理和IP-Mass类似，不同的是前者利用目的蛋白抗体将相应的RNA-蛋白复合物（RBP）沉淀下来，然后分离纯化捕获RNA，结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。 RIP-Seq检测要点： RIP-Seq服务要点和IP-Mass类似，但要求更高，精简如下： （1）试验设计：RIP-Seq强烈建议设置实验组别和生物学重复检测。 （2）蛋白表达和细胞量：比IP-Mass细胞用量要求大，建议不少

CoIP-Mass检测原理： 细胞内蛋白互作组CoIP-Mass检测，即免疫沉淀结合质谱分析检测，是研究细胞内蛋白互作的常规前置技术。 CoIP-Mass检测要点： （1）试验设计：尽量进行试验组别设计和进行生物学重复检测，提高后续验证的阳性率。常规过表达单组（Ab IP vs IgG IP）；动态互作组学（实验组vs对照组vs Ig组）。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以IP-Mass数据进行互作组标准分析，则需要3-4组生物学重复；如果后续以寻找关键互作蛋白，进行机制深

circCFL1直接与HDAC1互作 一、初步筛选出与circCFL1的互作蛋白分子HDAC1 为了阐明circCFL1对TNBC影响的潜在分子机制，进行RNA pull down实验，对显著富集的55 kD蛋白进行质谱分析（图1a），发现HDAC1是circCFL1的高潜蛋白（图1b）。分子对接显示circCFL1与HDAC1蛋白存在物理结合（图1c）。 二、确定circCFL1与HDAC1存在互作 FISH和IF检测发现circCFL1和HDAC1在细胞核中共定位（图1d）。RNA pull down-WB实验证实circCFL1和HDAC1相互作用（图1e）。 三、确定circCFL1与HDAC1结合的特定区域 首

circCFL1直接与HDAC1互作 一、初步筛选出与circCFL1的互作蛋白分子HDAC1 为了阐明circCFL1对TNBC影响的潜在分子机制，进行RNA pull down实验，对显著富集的55 kD蛋白进行质谱分析（图1a），发现HDAC1是circCFL1的高潜蛋白（图1b）。分子对接显示circCFL1与HDAC1蛋白存在物理结合（图1c）。 二、确定circCFL1与HDAC1存在互作 FISH和IF检测发现circCFL1和HDAC1在细胞核中共定位（图1d）。RNA pull down-WB实验证实circCFL1和HDAC1相互作用（图1e）。 三、确定circCFL1与HDAC1结合的特定区域 首

图1 分子互作机制 一、找SCARB2的互作蛋白 通过IP-MS分析发现MYC、HDAC3是潜在的相互作用蛋白（图2a）。Co-IP实验证实MYC与SCARB2和HDAC3互作（图2b-d）。Co-IP实验发现MYC和SCARB2互作位于细胞质和细胞核（图2e）。此外，Co-IP还发现SCARB2的缺失增加了HDAC3与MYC的互作，而SCARB2的过表达减少了HDAC3与MYC的互作（图2f-g）。 二、确定互作的结构域 针对MYC的结构域构建不同突变体进行Co-IP实验，MYC的CT元件和 NTD结构域负责MYC与SCARB2和HDAC3的相互作用（图2h），表明SCARB2与H

PHLDA2与ALOX12相互作用 一、确定ROS铁死亡系统的相互作用分子 通过SFB标签抗体，进行IP-MS和IP-WB发现PHLDA2与ALOX12互作（图1a、b）。进一步通过内源抗体Co-IP双向验证PHLDA2与ALOX12存在相互作用（图1c-d）。而免疫荧光共定位实验发现PHLDA2和ALOX12能够同时共定位于细胞质（图1e），进一步佐证了PHLDA2-ALOX12复合体的存在。 二、确定PHLDA2和ALOX12互作特异性 PHLDA2属于PH样结构域家族A，包括PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3（图1f）。Co-IP实验分析发现，PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3中，只有PHL

图1 分子互作机制 一、找SCARB2的互作蛋白 通过IP-MS分析发现MYC、HDAC3是潜在的相互作用蛋白（图2a）。Co-IP实验证实MYC与SCARB2和HDAC3互作（图2b-d）。Co-IP实验发现MYC和SCARB2互作位于细胞质和细胞核（图2e）。此外，Co-IP还发现SCARB2的缺失增加了HDAC3与MYC的互作，而SCARB2的过表达减少了HDAC3与MYC的互作（图2f-g）。 二、确定互作的结构域 针对MYC的结构域构建不同突变体进行Co-IP实验，MYC的CT元件和 NTD结构域负责MYC与SCARB2和HDAC3的相互作用（图2h），表明SCARB2与H

iFluor 647琥珀酰亚胺酯对标记蛋白质（特别是抗体）进行了优化。这些染料明亮、光稳定，并且对蛋白质的猝灭作用最小，是与蛋白或抗体偶联的常用工具。NHS 酯可用于标记蛋白、胺修饰的寡核苷酸和其他含胺分子的伯胺 (R-NH2)。 图示 图1.用小鼠抗微管蛋白染色HeLa细胞，再用iFluor647山羊抗小鼠IgG (H+L)（红色）染色；细胞核用DAPI染色（蓝色）。 图2.HeLa细胞与小鼠抗微管蛋白孵育，再分别与iFluor647山羊抗小鼠IgG偶联物（红色，左）或AF647山羊抗小鼠IgG（

分子互作基础 1.确定ROS铁死亡系统的相互作用分子 通过SFB标签抗体，进行IP-MS和IP-WB发现PHLDA2与ALOX12互作（图1a、b）。进一步通过内源抗体Co-IP双向验证PHLDA2与ALOX12存在相互作用（图1c-d）。而免疫荧光共定位实验发现PHLDA2和ALOX12能够同时共定位于细胞质（图1e），进一步佐证了PHLDA2-ALOX12复合体的存在。 2.确定PHLDA2和ALOX12互作特异性 PHLDA2属于PH样结构域家族A，包括PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3（图1f）。Co-IP实验分析发现，PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3中，只有PHLDA2与ALOX12相

结直肠癌（CRC）的发病机制是多方面的，涉及控制肠上皮细胞增殖、凋亡和存活的多种细胞信号通路的失调。Notch1在癌症发展中发挥多种作用，目前尚不清楚是否存在能够使裂解的Notch1跨膜/细胞内区（NTM）去磷酸化以调节其功能的磷酸酶。双特异性蛋白磷酸酶（DUSPs，也称为MAPK磷酸酶）DUSP6是否参与和调节功能尚不清楚。 2024年11月，新加坡国立大学团队在Nat Commun.（IF=14.7）上发表了题为“DUSP6 regulates Notch1 signalling in colorectal cancer”的研究成果。发现DU

Keap1是小胶质细胞中USP7去泛素化的直接底物 第一步，筛选USP7底物蛋白 基于氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）蛋白质组学，其中5种在EB处理后显著下调（图2a）。其中，Keap1在炎症过程发挥关键作用。因此，推测Keap1可能是USP7激活小胶质细胞的潜在底物蛋白。放线菌酮（CHX）细胞，发现EB依赖的Keap1降解明显加快（图2b）。 第二步，验证USP7与Keap1相互作用 Co-IP实验发现，USP7与Keap1相互作用（图2c）。免疫荧光分析显示EB通过促进USP7核转位来抑制USP7-keap1共

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我的身体里吃入了大量能控制人体类似芯片的东西 芯片在身体里可以被操纵跳身体就会很痛 怎么办

如何通过小分子EB抑制USP7？ 通过小分子EB依赖性的变构调节机制抑制USP7 第一步，USP7通过氢键和范德华相互作用参与稳定EB结合 为了探索EB在USP7上的结合结构域，SPR分析发现EB选择性地与非催化的HUBL结构域相互作用。随后确定apo-HUBL结构（2.3 Å）和HUBL与EB复合物的共晶结构（2.35 Å）（图1h）。EB的α、β-不饱和部分作为反应性Michael受体，并与Cys576形成共价键（图1h）。Asp666、Arg723和Glu572通过氢键和范德华相互作用参与稳定EB结合（图1h）。 第二步，EB在

泛素修饰类型的作用：K6：与DNA损伤、线粒体稳态等相关。参与调控细胞周期、蛋白质定位和信号传导等过程。 K11：参与内质网介导的降解途径和细胞周期进程的控制。在细胞分裂和转录因子活性调控中发挥重要作用。 K27：在固有免疫、蛋白稳态和DNA损伤修复等方面具有功能。参与线粒体自噬和信号转导等过程。 K29：调控蛋白质的溶酶体降解，与蛋白酶体应激反应相关。参与调控蛋白质的细胞定位和信号传导。 K33：与先天免疫有关，可能在免疫细胞

第一步，预测分析ENO1和PD-L1之间的互作 基于AlphaFold2预测分析发现位于与PD-L1相互作用界面的ENO1的四个关键残基（N52、K54、K197和E250）（图2a-b）。 第二步，ENO1的E250介导与PD-L1相互作用 对每个残基构建N52A、K54A、K197A和E250A突变体，Co-IP分析发现E250突变为丙氨酸（E250A）显著降低了ENO1与PD-L1之间的相互作用（图2c）。另外，分析还发现ENO1的E250能够与PD-L1上的R125形成临界盐桥，从而增强相互作用的稳定性（图2a）。表明ENO1的E250在介导PD-L1相互作用中的重要

结直肠癌（CRC）的发病机制是多方面的，涉及控制肠上皮细胞增殖、凋亡和存活的多种细胞信号通路的失调。Notch1在癌症发展中发挥多种作用，目前尚不清楚是否存在能够使裂解的Notch1跨膜/细胞内区（NTM）去磷酸化以调节其功能的磷酸酶。双特异性蛋白磷酸酶（DUSPs，也称为MAPK磷酸酶）DUSP6是否参与和调节功能尚不清楚。 2024年11月，新加坡国立大学团队在Nat Commun.（IF=14.7）上发表了题为“DUSP6 regulates Notch1 signalling in colorectal cancer”的研究成果。发现DU

第一步，筛选c-FLIP泛素化相关的酶-USP7 TRIP13如何介导c-FLIP的泛素化呢？采用生物信息学方法筛选GO和KEGG数据库中与泛素化相关的条目。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络后，分析发现10个核心靶点，包括USP7、USP13、USP14等（图1a）。USP7是一种表征良好的去泛素酶，研究证实，TRIP13可直接与USP7结合，促进其去泛素酶活性。推测TRIP13可能通过USP7调节c-FLIP的水平。此外，分析显示TRIP13、USP7和c-FLIP在TNBC中表达较高，且TRIP13、USP7和c-FLIP呈正相关（图1b