生于海拔225-1150m的荒漠中，寄生在藜科植物梭梭、白梭梭等植物的根上。[2]肉苁蓉仅分布于西北干旱地区，以内蒙古和新疆为主产地，内蒙古最多，但药材商品来源还有管花肉苁蓉、迷肉苁蓉、盐生肉苁蓉等。其中蕴藏量50万公斤以上的有新疆且末、阿瓦提、民丰，内蒙古阿拉善右旗、乌拉特后旗、额济纳旗，新疆的乌苏、精河、皮山、察布查尔、富蕴、于田、沙雅、若羌、哈巴河、福海、库尔勒、柯坪等地[3]。
喜生于轻度盐渍化的松软沙地上，一般生长在沙地或半固定沙丘、干涸老河床、湖盆低地等，生境条件很差。适宜生长区的气候干旱，降雨量少，蒸发量大，日照时数长，昼夜温差大。土壤以灰棕漠土、棕漠土为主。寄主梭梭为强早生植物。肉苁蓉多寄生在其30-100 厘米深的侧根上