1912年中华民国成立后,黑龙江省沿袭清代省、道、县三级体制,共辖龙江、绥兰、黑河3道,省会齐齐哈尔。后增设呼伦道,共为4道,21县,6设治局。当时为吉林省所辖而今在黑龙江省境内的有滨江、依兰2道,18县。
1917年俄国十月革命后,中国政府逐步收回中东路“附属地”的行政主权。1920年将该区域定为“东省特别区”。1922年东北当局设立东省特别区行政长官,以统一监督节制该区域内的军警、外交、司法各机关。
1924年5月,北京政府批准东省特别区独立于黑龙江、吉林两省区域之外,成为与省并列的特别行政区。
1930年黑龙江省辖42县,11设治局。当时隶属于吉林省今属黑龙江省的有22县。