宗教與科學原本並行不悖，宗教組織在理論上自然與科學有本質上的相通之處。誠如愛因斯坦雲：沒有宗教的科學是跛子，沒有科學的宗教是瞎子（Science without religion is lame, Religion without Science is blind）。中國近代社會思潮新舊交錯並陳，佛教文化更是包容儒道，兼采中西，入世出世、歷史現實、理性信仰，對立統一，為救亡圖存的社會思潮覓得一個新的理論源頭。佛教與科學尤其在新的歷史條件下，攜手連袂，竭力為佛學尋求“實驗的證據”，在有限的程度上，使佛教文化煥然一新——以佛家的思維方式探索社會與心性問題，借自然科學的成果與科學方法為佛學提供理性認識的依據，及先驗的論證。其中，西方科學主義的影響是顯而易見的，與馬克思·繆勒（F.Max Muller）以科學處理宗教，或者說對宗教進行客觀性研究的“宗教學”（Science of Religion）在思想上遙相互應。

譚嗣同著《仁學》就是欲將“科學哲學宗教冶為一爐，而更使適於人生之用”。太虛聲稱，佛學與科學“關通甚切”，建議用唯物的科學“闡明唯識宗學”，並有大量“唯識通科學，科學近唯識”的論說。他以微生物學解釋“身為蟲眾”，用精子的功能佐證“起身根蟲”的佛家緣生之理；以天文知識證明佛說“日夜之別”的科學性；以光學原理附會佛學“刹那生滅流動，輾轉和合而起”變易無常的理論，並由此推斷“佛乘唯識學其貴乎理真事實，較唯物科學過無不及”。具有現代科學知識的張化聲同樣襲取物理、化學等科學成果，對佛理進行科學分析，指明佛學所詮之色、空，乃抽象之概念，理化所謂之色、空則有具體之佐證，由是而著《色即是空，空即是色之理化談》，採用會通比較的方法，為佛學的色空觀念確立科學的依據，或者說實驗的證據。梁啟超更是弄潮濤頭，亦欲冶科學宗教於一爐，使佛學通之於科學，專著《佛教心理學淺測》，旨在用科學知識解釋“五蘊皆空”之佛理。他著重強調“研究心理學，應該以佛教教理為重要研究品”，因為佛法為“證明無我的道理”，早已“把心理狀態研究得真確”，並據此斷言：佛法“就是心理學”。還有曾任東南、東北大學哲學系教授的景昌極，索性以唯識學代替認識論，同樣表現了對佛學的科學轉化與詮釋。