由于孩子体内的各种器官发育还不成熟，抗生素很容易残害或潜在地残害孩子的身体器官，最主要是容易导致肝和肾功能的损害，因为很多抗生素都是通 过肝脏和肾脏代谢的。此外，还有氨基糖苷类抗生素，如庆大、丁胺卡那等，容易造成孩子耳聋；喹诺酮类药物，如环丙沙星等对孩子软骨有潜在损害；氯霉素则可 导致骨髓抑制和儿童灰色综合征。滥用抗生素还会导致小孩抵抗力下降、对抗生素依赖性增强。
滥用抗生素还会增加小孩对药物的过敏反应，容易导致小孩二重感染、真菌感染以及湿疹、哮喘等疾病。