注意力都集中在什么人性社会之类的上面，其实整个故事是这样的：
公园xx年太阳粒子爆发，人类由于科学家提前预警，设立了抗粒子的XXX系统，结果由于粒子强度超过预计，导致地球一半以上的人类灭绝（半个地球），地球濒临毁灭（地球要玩的消息应该是对民间封锁了，但是政府和军方高层知道），以此联合政府（怎么看都像日本人当家，日本人脑洞也不小啊 这yy的）制定了粒子海探索计划，为人类寻找出路，并且在粒子海最深处发现了巨大的神秘生物，这种神秘生物居然能操纵重力场，于是狩猎了n头，回来用神秘生物的‘尸体’或者身体制作宇宙战舰，完工了n艘，并且按不同的设计理念和不同的管理模式进行尝试，保证人类能长久的在飞船上生存下去，其中有一艘在接近完工时候出现了 事故（应该是被当作材料的神秘生物暴走了），导致大量伤亡（那个最后那个舰长的女儿也死在其中），政府和军方由于资源和能力的原因也无力完成，只好秘密“放置”在丽贝三角的外侧（个人推测丽贝三角最早可能就是宇宙飞船的制造厂的一部分，后来用作宇航培训学校），结果n年后，发现试用的飞船各种问题（精神污染，船员都变成了疯子和变态），走投无路的军方高层（一部分）重新把主意打到了利维亚斯身上，于是就发生了动画里面的故事，当然，军方开始是想把利维亚斯回收，上面的学生顺带放了就行，结果阴差阳错派去的人居然被小孩子收拾了，而对利维亚斯的强行拖拽激活了其中沉睡的灵魂"尼娅"，结果在1000多学生的期望中，利维亚斯冲入了粒子海深处，成为了尼娅生命的开端，政府发现这个情况后，没有马上反映，原因是政府也对利维亚斯的情况寄予期望，所以任由一部分高层各种胡来（最后有人出来背锅就行，再由另外的人善后，日本特有的情况，只要最后有人背锅，怎么作死都无所谓，参考二战和福岛，这点是真的哦，日本人认为只要有人肯背锅，多严重的后果都能接受的），来测试利维亚斯的“限度”，所以才有了各种战斗，一方面是借助利维亚斯消灭其他试验品（都是疯子和变态，很难控制，对地球和人类自身安全不利），另一方面，如果成功了，就回收利维亚斯，最终证明，利维亚斯的生存能力非常出色，和其他飞船中最能打的相比也不逊色（同样是接近人形的少女？还是少年？），其中的人员在回到社会后也没发疯或者变态，是比较理想的形态，偏偏尼娅只认可这些小孩的“驾驶”，于是政府就又把这些孩子弄上了飞船，等他们长大成人，宇宙飞船的“技术”也摸索成熟了，最终在第21号利维亚斯搭载最后人类飞离地球，去寻找新的家园。
怎么说呢， 真是一个彻头彻尾的日本化的故事啊，日本人的特征显露的很明显，不熟悉日本的人看来肯定n多槽点，呵呵，偏偏日本人就按这个套路写的背景设定，现实中也按这个行事方法来玩。