1、幽门螺杆菌的耐药性
患者感染的幽门螺杆菌菌株对所用的抗生素耐药是造成治疗失败的主要原因。研究发现，幽门螺杆菌的根除率在复治者比初治者中明显下降，同样的治疗方案随着时间的推移，其根除率会逐步降低。部分一线治疗失败的患者，进入二线治疗后仍无法奏效，根本原因是幽门螺杆菌对部分抗生素日益严重的耐药性。
2、患者的依从性
患者未按要求完成疗程、不定时服药、减少药量等均可导致根除治疗失败。一些患者本身临床症状较严重，根除治疗药物的不良反应可能会加重其临床而使得患者不能坚持服药，对这些患者可暂缓根除幽门螺杆菌治疗。
3、口腔幽门螺杆菌未及时清除
很多人对幽门螺杆菌都是只知其一不知其二，大家只知道胃部的幽门螺杆菌，但是对口腔幽门螺杆菌这个重要角色却忽略了。如果说胃部是幽门螺杆菌在人体中的大本营，口腔就是其粮仓。口腔中的幽门螺杆菌一日不除，便会源源不断的向胃中输送。除此之外，口腔还是幽门螺杆菌通过“口-口传播”的重要媒介，只有清除口腔幽门螺杆菌，才能切断胃部幽门螺杆菌的重要来源，同时阻断其在人与人之间的传播。