序章要结合终之空2结局来看
终之空2的由岐是唯一一个有序章记忆的角色，而且她自己都说那是“被卷入高岛同学自杀时做的梦”，所以肯定是由岐的梦。你可以理解为高岛死后灵魂纠缠上了由岐，并将自己的记忆带入，让她做了一个梦。高岛见过妹妹，但的确没有见过双胞胎姐妹，不过因为做梦的主体应该是新产生的由岐人格，所以会出现双胞胎姐妹也很正常吧。

不过既然是由岐做的梦，无法解释再第一章里完全看不到由岐有做梦的片段或记忆，终之空2中的由岐甚至感到了记忆混乱，认为序章是发生在第一章前的事，自己没道理经历两次高岛同学自杀，这其中的解释只能交给素学家们了
至于天台上由岐和卓司的对话，倒是很好理解，主要还是对话完卓司内心的独白，那和游戏的世界观、哲学观以及背后的剧情有紧密相连，感觉分析起来也要花很大的功夫。
高维世界我没啥印象了，是序章里的鬼屋提到的吗？

在高维空间的人，能看到低维空间的一切，但低看不到高。
就好比我们是高维，游戏里的人就是低维，我们知道游戏的一切，游戏里的人却不知道我们。
序章里说的高维世界，我有点记不清了。但大致是上面这个意思

我感觉这个高维空间就是扶她自的私货

感觉序章是很抽象的，不能仅仅定义为“梦”或是“灵魂附体”之类的。至于高维指的应该是玩家，玩家就如同序章幽灵屋中的观赏者一样，既是角色本体，又如同幽灵一样，穿行在各个空间中俯瞰整个世界，既不是故事中的任何一个人，又扮演着所有人，这一点出现在终之空2里由岐与彩名的对话中，彩名说过：“灵魂数量只有一个。”这里的灵魂所指就是玩家，当然，不同次元的由岐并不能理解彩名的话。扶她自借彩名之口说明了玩家与角色的关系。
然而，序章中多次提到“世界的界限”，玩家作为主体，可以在已有的选项中决定游戏世界未来的走向，却无法干涉更多，而没有被选择的选项，也就是未发生的事实同样属于这个世界的一部分，这些事实将玩家与世界区分开，所以我认为玩家并不是世界本身，而是“世界的界限”，这也是不断扶她自不断引用『逻辑哲学论』中的一句话 “我（或是正在阅读这段文字的你）不属于这个世界” 的原因。
至于你说序章得内容不符合第一章，这两章本来就不在一个层面上，序章只有结合终之空2结局才说得通。我认为并不应该强行赋予序章意义，因为它过于模糊抽象，本身并不具有真正明确的意义，把序章和终之空2作为连接玩家与故事的桥梁就好