舌头后面部位的扁桃体隐窝处的鼻后粘液中通常会积聚着一小团细菌，简单刷牙和漱口并不能有效去除这些细菌，细菌如果长时间停留在隐窝处，则导致不溶解的钙、镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，从而形成结石。因此，不注重口腔问题、爱抽烟喝酒的自然容易得扁桃体结石。
另外，扁桃体结石是扁桃体隐窝里面的脓栓形成的，并不是真的结石。一般有慢性扁桃体炎的容易长结石，也就是说慢性扁桃体炎不及时医治，慢慢出现扁桃体结石的并发症。即扁桃体结石是由于扁桃体炎反复发作致隐窝口纤维化，引流受限，脱落上皮和细菌碎片形成的干酪样物积存于隐窝内形成的，小者如砂粒，大者如鸽卵。
如果没有什么不适的可以暂时观察，如果会有反复扁桃体感染的需要手术摘除扁桃体，避免导致并发症。