衣原体感染治疗要选择对症、副作用小的药物。患者在治疗前，西医主张“药敏实验”，临床治疗支原体感染药物很多都含有抗生素，抗生素种类多，每一种的针对性不同，所以要区分治疗，治疗前患者要进行筛选，正确选择敏感药物。而且支原体一次耐药并不是终身耐药，其“顽固”会让它存在耐药及抗药性。
支原体阳性久治不愈或合并多种并发症的患者其实中药治疗效果最好，在治疗男性支原体衣原体感染时，中医讲究全面调理，标本兼治。中药材生长自然，可以直接入药，不用添加化学物质，对身体也没有毒副作用，支原体完全没有抵抗力，治疗效果当然不一样。仅仅杀菌消炎是远远不够的，要想使患者彻底摆脱此病，还要改善患者泌尿生殖系统的内部环境，常用的如利尿消炎丸，使支原体衣原体赖以生存的环境发生改变，进而从根本上清除病灶，同时治疗与其相关的多种并发症。