第一，关于魔帝的诞生问题，当初蚩尤与伏羲在安邑的大战，蚩尤战败身死，被伏羲杀身灭魂，连命魂都不一定存在，蚩尤究竟如何能够“死而复生”？是命魂吸收了伏羲神血中的灵力，勉强没彻底被伏羲毁灭？还是什么别的原因？
第二，关于魔帝的实力问题，始祖魔诞生后，在魔域蛰伏千载，终于在轩辕黄帝的时代攻入人界，还差点顺带把辟邪族灭族，人族十去五六，最终在涿鹿之野被献收入镜中，逃回魔域，由此可见，蚩尤及始祖魔似乎还缺乏实质上挑战神族的能力。然而数千年后，封于天界的始祖剑被蚩尤夺取，似乎蚩尤的实力深不可测。天柱倾塌之后，万龙之王身绕天柱，已经不能实质性威胁神族，蚩尤能否在实力意义上对神产生威胁？再进一步而言，能否独自挑战伏羲？
第三，战略抉择问题，在古剑1大概十数年后，焚寂已经半毁，其余六剑亦会被女娲毁去，然而始祖剑却被蚩尤夺回，蚩尤有始祖剑在侧，却没有再次对常世发动大规模进攻，遑论攻入天界，难道蚩尤只满足于兄弟重逢？不想手刃天皇，一报当年身死城破之仇了？