龟头流脓有以下的原因：一、明确究竟是龟头表面的皮肤流脓还是龟头部位的尿道流脓，龟头表面的皮肤流脓是包皮龟头炎导致的，因为包皮过长引起尿液淤积，诱发细菌的大量增生，引起龟头炎的形成，龟头表面出现脓液。二、龟头流脓还常见于念珠菌性龟头炎，由于真菌感染了龟头皮肤，伴有明显瘙痒，局部皮肤可有破损，从而继发细菌感染，因此也会出现流脓的现象。尿道流脓提示有尿道炎的存在，尿道炎又根据致病菌群的不同分为淋球菌性尿道炎和非淋球菌性尿道炎。前者的致病菌主要是淋球菌，常见于不洁性生活和共同使用不干净的浴巾后感染。后者的致病菌主要是衣原体、支原体以及阴道毛滴虫等，也常常通过性接触传播