1.骨骼和关节问题。软骨骨质化发育异常是最常见的遗传病，同时还会伴随呼吸系统毛病的并发症。
患有软骨骨质化发育异常的折耳猫，四肢关节肿胀，指甲生长异常。后肢过短，有不寻常的弯曲、增生物或肿块。后脚掌异常肥厚，若细心观察，当猫咪坐直时，后脚掌的枕肉是触不到地面的。尾巴又粗又短、僵硬、不能屈曲，有些病猫的尾巴是不能摆动的。
2.呼吸系统毛病。由于骨骼病变的基因，除了影响手脚的骨骼外，也会影响猫咪身体其它部分软骨***发育异常。较常见的是呼吸管道收窄引起呼吸不顺畅，严重者需要以外科手术来扩宽呼吸管道。此外折耳猫可能因一些小感冒，打个喷嚏可能会大量流鼻血。
3.体质较弱。父辈们的身体就娇弱，因此受到遗传的影响，诞生的下一代折耳猫身体也会非常的虚弱。它们的体格比一般猫咪差，体型及体重只有正常猫的三分之二大小，同时由于抵抗力弱就更易感染猫瘟，皮肤病，过敏等后天产生的疾病了。
4.***病。心肌肥大症也是常见于折耳猫身上，不过一般是很难发现，直到出现病症时，主人才会明白已有生命危险，猫咪需要控制饮食和终生服药。***病对折耳猫的影响非常的沿严重，稍有照顾不周，就会威胁苏格兰折耳猫的生命。