雄商高铁全线设雄安、任丘西、肃宁东、深州东、衡水南、枣强南、清河西、临清东、聊城西、阳谷东、台前东、梁山、郓城、菏泽东、曹县西、商丘16座车站，其中雄安和菏泽东2座车站为既有车站，梁山、郓城、商丘3座车站为改扩建车站，衡水南等11座车站为新建车站。