陆军科技好像有个技术是舰船占领
或者你有宗教科技的话，里面有多种办法

前提，敌方殖民船没有安装自毁模块或自毁模块已被破坏。
研究占领船舰并在船上安装攻舰人员。攻击敌方船只，靠近后在选项里点击占领船舰
拥有精神科技可以研究精神武器，将煽动叛乱装在船只上攻击敌方船只。对主控为计算机的船只无效。