新会辖区下辖16个镇，分别是古井镇、大泽镇、沙堆镇、水口镇、双水镇、丰岗镇、花山镇、三江镇、杏花镇、白土镇、江口镇、双岗镇、莲花镇、赤坑镇、石颈镇、睦岗镇。其中，花山镇是新会的行政中心和政治、经济、文化、交通中心。