南昌航空大学共有17个学院，其中包括材料科学与工程学院、环境与化学工程学院、航空制造工程学院、信息工程学院、外国语学院、飞行器工程学院、数学与信息科学学院、测试与光电工程学院等。此外，还有创新创业学院、经济管理学院、通航学院、航空服务与音乐学院、体育学院等。学校也获得多个教育培养计划试点专业的批准。