巴黎圣日耳曼的名称来源是因为巴黎有一个地区叫做圣日耳曼区（巴黎有两个圣日耳曼区，圣日耳曼德佩以及圣日耳曼昂莱区）。 其中，德佩区有一座建于公允6世纪（543年）的法国最古老的天主教教堂——圣日耳曼-德佩教堂（法国思想家笛卡尔就在此场面）。