7月3日昆明航班大面积延误的主要原因是天气条件不利。当天昆明地区遭受大范围强降雨和雷暴天气，导致航班起降受到严重影响。雨水和雷电会影响飞机的安全起降条件，航空公司为了保证乘客安全，不得不暂时取消或延误部分航班。此外，航班延误还可能受到航空交通管制、机场设备故障以及运营计划调整等因素的影响。由于航班延误是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素，航空公司会尽力减少延误发生，并提供相应的补偿和服务。