在《三体3》中，程心和关一帆穿梭机绕蓝星运行的原因是为了避免被蓝星上的三体文明探测到，因为他们担心自己的存在会引发三体人的反应。此外，他们还需要在蓝星附近进行一些探测和观察工作，因此需要保持一定的距离并绕行。