根据我所了解到的信息,iOS9.3.1是苹果公司于2016年发布的系统版本,iPhone SE第一代于2016年3月上市,因此您使用的iPhone SE第一代出厂时预装的系统很可能就是iOS9.3.1。关于您的问题,如果您现在想要将iPhone SE第一代的系统还原,即使用iOS9.3.1的原始系统,可以按照以下步骤进行:1. 首先备份您手机上的重要数据和资料,以防在还原过程中出现任何意外情况导致数据丢失。2. 在电脑上下载并打开最新版本的iTunes,将手机连接到电脑,然后在iTunes中选择您的iPhone设备,点击“备份”选项,然后选择“备份到计算机”。这样可以备份您的设备到电脑中。3. 在备份完成后,关闭iTunes,然后重新启动您的电脑。4. 打开iTunes并连接您的iPhone,然后选择您的iPhone设备,点击“还原”选项,然后选择“从计算机还原”。这将会将您的设备还原到备份时的状态。5. 还原完成后,您的iPhone就会重新启动并回到iOS9.3.1的系统。需要注意的是还原后需要重新激活设备才能正常使用。同时,如果您的iPhone SE第一代在还原过程中出现任何问题或者无法正常激活,建议及时联系苹果官方客服或者售后服务中心进行咨询和解决。