在《三国志11》中，委任军团后不会取消你正在执行的命令。因此，在你打下一座城并派出运输队之后，如果将该城市委任给军团，军团不会干涉或更改你已经下达的命令，包括运输队的行动。但是，需要注意的是，委任军团会赋予其对指定城市的自治权，他们可以自行进行各种操作和决策。虽然不会干扰已存在的命令，但他们可能会根据其自身的策略和判断来决定如何管理这座城市，这可能包括改变原有的计划或者指令。此外，对于是否把城市内的军队调回，这也取决于被委任的武将对这个决定的看法以及游戏的具体情况。