若齿轮上齿根圆与毂孔键槽顶部的距离为负，这通常意味着存在设计或制造上的误差。一般来说，需要重新审查整个机械设计的协调性，并考虑以下修正方法：
1. 返工或修复有问题的部件，以调整该特定部分至正确尺寸；
2. 检查所有相关的装配和配合公差是否在允许的范围内；
3. 如果可能的话，对相关零部件进行补偿式加工，以确保整体设备的正常运行和使用寿命。
4. 在某些情况下，可能需要更换不合格的零件或者寻找其他替代方案来确保设备性能不受影响。
5. 最后应详细记录问题及其解决方案，以便于未来生产和维护工作的参考借鉴及优化改进。。