远古时代，人们向星星许愿，星星回应了人们，并带给了部分人永生的力量，但也带来了副产物_石化症。于是人们又不满于只有少部分人得到神迹，大多数人要遭受石化症，便撕碎了神，留下了神之手臂。
近代，跨海而来的三个人掌控了克拉特，三人是吉佩托，瓦伦廷.莫纳德(炼金术士第一位领袖)和大主教。死于石化症的人产出大量自我素矿石，这种能量带有人生前的记忆。吉佩托制作出人偶，并加以自我素来给人偶动力。瓦伦廷通过炼金术来产出更多自我素，大主教则通过宗教来安抚下层受到石化症影响的民众。就这样安稳度过了一段时间。
一切改变来自于炼金术团的内部叛乱，西蒙制造了玫瑰庄园的惨案杀死了瓦伦廷，掌控了炼金术团。但也因此动乱误杀了卡罗。失去孩子的吉佩托断绝了与炼金术士和追迹者的合作，并意外获知曾有神降临给了人类永生，便想再次让神降临。因此策划了人偶叛乱，杀死了很多人并产生了大量自我素，后面就是游戏内容了，g。
预测一波dlc内容，星星碎片召唤了其他世界的p来帮忙，且这的招呼来的p很可能是未来的p(白发阶段的p)，所以dlc应该会有boss再战，回到过去帮助以前的自己打boss。