1.打破传统985，211的身份限制，凭实力凭特色上车
985大学中东北大学，中央民族大学两所没有入选，211大学更是达到47所没有入选，而有特色的双非院校，如天津中医药大学凭借其中药学，南方医科大学，南京医科大学凭借其基础医学，山西大学物理学，湘潭大学凭借其数学成功入选。
2.注重理科，入选的多为文理强校，工科强校普遍受挫
如985中哈尔滨工业大学、东南大学等工科强校只有3个学科入选，而一些211工科强校，如西南交通大学，武汉理工大学，中国矿业大学，合肥工业大学，河海大学，哈尔滨工程大学，南京理工大学更是纷纷落选。
3.以人才培养为导向，注重基础学科培养科技领军人才
不同于以往计划，学科建设以社会服务，科技成果等为主的评价体系，101计划回归教育本身，培养国家未来有能力解决卡脖子问题的领军人才，汇聚顶尖大学，顶尖师资，顶尖教材，顶尖课程，培养顶尖人才，是该计划的主要特色。