虽然我国工厂化水产养殖产量及面积都位居世界前列，但是目前我国大部分企业还处于发展的初级阶段，工厂化养殖模式仍以流水养殖和半封闭式循环水养殖2种养殖模式为主，与国外发达国家的全封闭式循环水养殖模式相比，目前我国的养殖模式还不算是真正意义上的工厂化养殖。
目前，国内比较多见的工厂化循环水养殖模式主要有流水养殖模式、半封闭式循环水养殖模式和全封闭式循环水养殖模式3种。
1）流水养殖模式。流水养殖模式主要控制养鱼环境，利用不断流动的水流进行鱼类养殖，具有投入少、建池简单、占用面积小、周期短、密度高、产量高等特点，主要应用于耗氧量高的经济性鱼类，这种养殖方式有利于鱼类生长发育，最大限度地发挥鱼类的生长潜力。但这种养殖方式养殖用水不进行循环再利用，流水交换量为每天 6～15 次，耗水量极大。尽管流水养殖对水环境污染较为严重，但目前仍是国内使用最多、养殖面积最广的工厂化养殖方式。
2）半封闭式循环水养殖模式。半封闭式循环水养殖模式主要由鱼池、增氧设施、水质净化系统、消毒防病设施、水温调控设施 5 部分组成，此养殖模式下养殖废水经沉淀、过滤、消毒等简单处理后再进行循环使用，这种养殖模式与流水养殖模式相比，降低了一部分用水量，相较于全封闭式循环水养殖技术还有一定差距。目前国内一部分水产养殖工厂采用这种养殖方式。
3）全封闭式循环水养殖模式。全封闭式循环水养殖模式是通过水处理设备将废水净化消毒杀菌后，再进行循环使用的一种养殖模式，主要包含去除氨氮的生物净化装置、去除悬浮颗粒的物理过滤装置、可以消毒杀菌的臭氧发生装置、去除二氧化碳的曝气装置，其关键技术是水质净化处理装置，核心是快速去除水溶性有害物质和增氧技术。这种养殖模式虽然能减少水资源消耗、环境污染，节约用地，养殖产品优质安全，病原可控，不受地域与环境的影响，但由于这种养殖模式前期投入较高，且国内这种设备制造还不甚成熟，目前国内企业使用这种养殖模式的较少。