清洗药剂的使用顺序应据实际问题确定，通常的清洗顺序是先进行酸洗，然后进行碱洗。
在某些情况下，如果污染主要为有机物或者微生物，可以先碱洗，后酸洗，最后再进行一步碱洗。
把碱洗作为最后一步的重要原因在于它能使得经过酸洗后的膜孔充分张开，以恢复产水流量。